El Instituto de Histología y Embriología de Mendoza (IHEM) fue creado en 1957 dentro de la Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Cuyo para desarrollar tareas de investigación científica y formación de investigadores, bajo la dirección de su fundador, el Dr. Mario H. Burgos. Por un convenio firmado en 1983 entre el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) y la Universidad Nacional de Cuyo (UNCuyo) se reglamentó su constitución y funcionamiento.
El primer microscopio electrónico – pionero en la región – fue adquirido en 1958 por la UNCuyo. Posteriormente se incorporaron cuatro microscopios electrónicos de transmisión y uno de barrido con apoyo de distintas instituciones. Generosos subsidios tanto nacionales como internacionales, permitieron adquirir otros equipos para microscopía óptica de avanzada y desarrollar diversas técnicas complementarias en el área de la Biología Celular.
Este equipamiento facilitó la capacitación de investigadores, becarios y pasantes que han nutrido y siguen nutriendo esta Institución. Como resultado de todo ello, profesionales e investigadores que se formaron en el Instituto son actualmente referentes dentro y fuera del país.
En diciembre del 2007 se cumplieron 50 años de vida del IHEM. En esa oportunidad se firmó un convenio entre la UNCuyo y CONICET para la construcción de un nuevo edificio con capacidad de albergar la totalidad del personal de IHEM.
En mayo del 2012 se inició la construcción de este edificio a través del CCT-CONICET Mendoza en un predio de la UNCuyo próximo a la Facultad de Ciencias Médicas.
En diciembre de 2013 se finalizó la primera etapa de la construcción del edificio y se habilitaron las cocheras, planta baja y primer piso, con áreas para microscopía óptica y electrónica, bioterios, área de bioseguridad II y III y lugar de mesada y escritorios para 70 becarios, personal de apoyo e investigadores. En agosto del 2014 se inauguró la primera etapa del edificio.
En noviembre del 2022 se inauguró la segunda etapa de ampliación del edificio del IHEM que incluyó las obras del interior del segundo y tercer piso, incorporando así treinta y cuatro oficinas y veinte laboratorios, tres nuevas salas de cultivo (primario y de línea celular) y salas de freezers, equipos y centrífugas. Junto con esta inauguración se sumó la disponibilidad de un total de 160 puestos de trabajo a los ya existentes.